Declaración MDDB

Para el reconocimento y apoyo de un esfuerzo colaborativo para crear, establecer y mantener una base de datos que permita la localización, accesibilidad, interoperabilidad y reutilización de los datos de simulación de dinámica molecular.

Esto democratizaría nuestro campo y materializaría el impacto de las simulaciones de dinámica molecular en la investigación de ciencias de la vida.

Los invitamos a leer nuestra declaración y apoyar nuestra iniciativa.

Vice Directora General de Internacionalización e Innovación

Ministerio de Ciencia e Innovación

La simulación molecular, especialmente la dinámica molecular, es una de las herramientas fundamentales para nuestra comprensión de los sistemas químicos y biológicos. El aumento en el rendimiento del software, el desarrollo de ordenadores más potentes y la mejora en los funcionales de energía, ha transformado la dinámica molecular en una herramienta con capacidad predictiva, capaz de acelerar el diseño de fármacos, biomateriales, nano-partículas, proteínas y ácidos nucleicos. Aún más importante, la dinámica molecular se ha convertido en la herramienta esencial para entender el funcionamiento esencial de las máquinas biomoleculares.

A lo largo de casi medio siglo de evolución, la comunidad científica ha pasado de simular pequeñas biomoléculas en entornos simplificados a abordar el estudio de virus completos, orgánulos celulares e incluso pequeñas células. En paralelo, el tiempo de simulación ha aumentado de unos pocos picosegundos (10-12 segundos) al milisegundo (10-3 segundos) generando largas series de datos estructurales (la trayectoria). El resultado final es la generación de un aluvión de datos que la comunidad no sabe cómo gestionar. Las agencias financiadoras y las revistas científicas obligan a mantener las trayectorias, que por lo común acaban depositadas en discos particulares, hecho que impide su reutilización por otros grupos, integración en sistemas de análisis de servidores bioinformáticos externos, o su importante uso en entrenamientos de algoritmos de inteligencia artificial. El resultado es que ingentes cantidades de datos, obtenidos con un uso masivo de ordenadores (se estima que un 15% de los recursos de “High Performance Computing -HPC-” se emplean en cálculos de dinámica molecular), se convierten en inutilizables para el avance de la ciencia, aunque continúen ocupando espacio en los centros de datos.

Es momento para que Europa se dote de una infraestructura para almacenar de manera ordenada las trayectorias y dotarlas de una estructura de análisis que permita un uso universal y la realización de meta-estudios, hoy imposibles, pero que serán cruciales en el entrenamiento de nuevos algoritmos de aprendizaje automático. España destaca como líder en este campo, no solo por su vasta comunidad y la capacidad de sus centros de cálculo, sino también por su papel pionero en la creación de bases de datos de dinámicas moleculares y el desarrollo de estrategias innovadoras para el intercambio de información.

Es por ello que te animamos a que soportes la creación de una Infraestructura Europea que permita el almacenado racional de datos de dinámica molecular y su uso posterior para estudios a nivel global. Esta infraestructura no solo permitirá optimizar los recursos informáticos disponibles, sino también abrir ventanas de oportunidad para mejorar nuestro conocimiento sobre el funcionamiento de la dinámica de las biomoléculas.

Información adicional

Executive Summary

Documento resumen del proyecto MDDB y su impacto tanto a nivel nacional como internacional.

 

Policy brief

Informe inicial sobre la necesidad de MDDB, delineando sus objetivos centrales y su alineación con las iniciativas europeas existentes. Destaca la importancia de involucrarse con las hojas de ruta nacionales y el marco ESFRI, enfatizando la relevancia estratégica de MDDB en el panorama de la infraestructura de investigación europea. Además, presenta estrategias clave para alcanzar los objetivos del proyecto y avanzar en el desarrollo de MDDB.

The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations

Documento creado por el consorcio MDDB exponiendo la opinión de la comunidad de dinámica molecular (MD) sobre la necesidad de adoptar un nuevo paradigma FAIR para el uso de simulaciones moleculares. Destaca la necesidad de un esfuerzo colaborativo para crear, establecer y mantener una base de datos que permita la localización, accesibilidad, interoperabilidad y reutilización de los datos de simulación de dinámica molecular. Tal desarrollo democratizaría el campo y mejoraría significativamente el impacto de las simulaciones MD en la investigación de las ciencias de la vida.